Continuando a história baseada no jogo de sucesso de PlayStation Final Fantasy VII, dois anos se passaram desde que as ruínas de Midgar permanceram como um simbolo dos sacrifícios realizados para que o planeta não fosse destruído. Entretanto, o mundo irá enfrentar em breve uma nova ameaça. 

Uma misteriosa doença está se espalhando rapidamente. Velhos inimigos voltam a ativa e novos inimigos surgem querendo trazer de volta a calamidade em pessoa. 

E Cloud, que buscava sozinho a cura para a terrível doença, deve se apresentar mais uma vez para lutar pelo destino do planeta.