Os G.I. Joes não estão apenas lutando contra o seu inimigo mortal, a organização Cobra; eles também enfrentam ameaças dentro do próprio governo, que colocam em risco sua sobrevivência. 

Após serem acusados de traição, os sobreviventes do esquadrão precisam se reerguer e impedir uma conspiração global, enquanto lidam com a presença do misterioso Zartan, que se infiltra no governo e manipula decisões críticas para o futuro do planeta.

Após salvar a vida do herdeiro de um antigo clã japonês, um solitário e habilidoso lutador, conhecido apenas como Snake Eyes (Henry Golding), é acolhido no misterioso clã Arashikage. O clã lhe oferece um novo lar, treinando-o nas artes secretas dos guerreiros ninja e moldando suas habilidades excepcionais de combate. Ao longo do tempo, Snake Eyes começa a encontrar um propósito de vida e a se aproximar da honra e da lealdade do clã.

Contudo, ao emergirem segredos obscuros de seu passado, Snake Eyes é colocado em um dilema entre a fidelidade ao clã Arashikage e suas próprias ambições pessoais de vingança. Sua lealdade é testada quando ele descobre que suas ações podem destruir os laços de confiança com aqueles que o acolheram como família.