O General Francis X. Hummel (Ed Harris), herói na Guerra do Vietnã, apoiado por um grupo de ex-soldados, se apodera de poderosas armas químicas e se instala na prisão de Alcatraz, fazendo 81 reféns. De lá, eles ameaçam disparar as armas sobre São Francisco se 100 milhões de dólares não forem pagos e distribuídos entre os parentes dos militares mortos na guerra e negligenciados pelo governo dos EUA.

Para combatê-los, um grupo de elite é mandado para a ilha. Entre eles, Stanley Goodspeed (Nicolas Cage), um jovem especialista em armas bioquímicas e John Patrick Mason (Sean Connery), o único homem que conseguiu escapar com vida do presídio.